Bí Mật Kyoto xoay quanh câu chuyện vào giữa triều đại nhà Minh, nơi mà Zhang Sheng và Yuan Su bị trục xuất khỏi Yamen sau khi đồng nghiệp của họ, Cheng Yun, đã giết chết một tù nhân. Trong khi đó, Hầu Thành Vân bị sát hại và sương mù dày đặc che khuất mọi điều. Tất cả các chứng cứ chỉ ra rằng Giám Đốc Nhà tù Ge Lin và người đàn ông giàu có bí ẩn Shen Kang có liên quan đến vụ án này. Liệu Zhang Sheng và Yuan Su có thể chống lại trong tình huống tuyệt vọng này, không quan trọng những nghi ngờ trước đó? Sự thịnh vượng của họ chỉ là lớp vỏ bên ngoài, trong khi những tội lỗi chưa được biết đến cuối cùng sẽ nổi lên...