Biệt Đội Diệt Vong (Phần 2) tiếp tục câu chuyện với việc các thành viên của Đội tuần tra Doom bị co lại thành kích thước nhỏ bé trên đường đua xe đồ chơi của Cliff. Họ phải đối diện với cảm giác bị phản bội từ The Chief và khám phá hành trang cá nhân của mình. Mỗi thành viên phải vượt qua những trải nghiệm đau thương trong quá khứ để bảo vệ Dorothy Spinner, con gái của Niles - người mang sức mạnh nguy hiểm có thể gây ra tàn phá vào ngày tận thế.