Birds of Prey: Cuộc Lột Xác Huy Hoàng Của Harley Quinn xoay quanh cuộc hành trình của Harley Quinn, nhân vật từng xuất hiện trong Suicide Squad, khi cô không còn sống dựa vào sự bảo vệ của Joker và đang tìm kiếm cách để tạo ra một cuộc sống mới. Trên nền tảng thành phố Gotham đang chìm trong hỗn loạn sau khi người hùng bóng đêm Gotham biến mất, câu chuyện bắt đầu khi cô bé Cassandra Cain vô tình lấy được một viên kim cương quý giá thuộc sở hữu của gã ác nhân Black Mask và bị tên này bắt cóc. Vào thời điểm đó, Harley Quinn đã quyết định tụ họp các nữ anh hùng để khám phá và giải cứu Cassandra.