Điệp Viên Siêu Lầy xoay quanh câu chuyện về Jason Jones, một điệp viên CIA kỳ cựu. Trong một nhiệm vụ, JJ bị Sophie, một cô bé 9 tuổi thông minh và tinh quái phát hiện. Sophie đe dọa rằng nếu JJ không đồng ý trở thành người hướng dẫn cho cô trở thành điệp viên, thì cô sẽ tiết lộ thân phận thật của anh. Với việc bị kéo vào cuộc sống của Sophie - một học trò có nhiều chiêu trò và khéo léo, JJ bắt đầu nhận ra sự tài năng và tiềm năng thiên bẩm của cô bé trong việc trở thành một điệp viên thực thụ.