Godzilla Đại Chiến Kong xoay quanh cuộc gặp gỡ đầy kịch tính giữa hai kẻ thù truyền kiếp trong một trận chiến ngoạn mục. Bị đưa khỏi Đảo Đầu Lâu, Kong cùng với Jia - một cô bé mồ côi có liên kết mạnh mẽ với anh ta và đội bảo vệ đặc biệt - tìm kiếm mái nhà mới. Tuy nhiên, không ngờ rằng họ sẽ phải đối mặt với Godzilla - con quái vật hùng mạnh tạo ra làn sóng hủy diệt trên toàn thế giới. Nhưng cuộc chiến giữa hai sinh vật khổng lồ chỉ là điểm khởi đầu để khám phá những bí ẩn sâu trong lòng Trái đất, dưới sự thao túng của các thế lực vô hình.