Cuộc phiêu lưu trong bộ phim Kidou Senshi Gundam: Twilight Axis đưa khán giả vào bối cảnh thế giới của Universal Century 0096, sau sự kiện đầy bi kịch xung quanh Điều lệ Thế kỷ Universal. Câu chuyện diễn ra khi Lực lượng Liên bang Trái đất quyết định gửi một nhóm điều tra viên tới Trục bị cắt đứt, một vùng không gian nằm ngoài Trái đất. Mục tiêu của họ là khám phá và giải mã những bí ẩn ẩn chứa trong vùng không gian này. Tuy nhiên, họ sớm nhận ra rằng mình đã dấn thân vào cuộc chiến nguy hiểm và phức tạp hơn họ từng tưởng. Đồng hành cùng họ qua những thử thách là những chiếc Mobile Suit mạnh mẽ, sẵn sàng chiến đấu để bảo vệ lợi ích của mỗi phe. Cuộc trốn chạy, âm mưu và những cuộc đối đầu căng thẳng sẽ khiến người xem không thể rời mắt khỏi màn hình.