Takt op.Destiny xoay quanh câu chuyện về nhóm Musicart - những cô gái trẻ sở hữu sức mạnh của âm nhạc - đang chiến đấu chống lại quái vật D2 để bảo vệ thế giới khỏi sự tàn phá. Khi Takt, một chàng trai bình thường, gặp Shogo - một thành viên của nhóm Musicart, cuộc sống của anh bị kéo vào cuộc chiến sinh tồn này. Cùng nhau, họ phải hợp tác và tìm ra giải pháp để đánh bại D2 và ngăn chặn thảm họa tiêu diệt toàn cầu.