The Legend of Heroes: Sen no Kiseki - Northern War xoay quanh cuộc sống của Lavi, một cô gái sinh ra và lớn lên ở Bắc Ambria, vùng nghèo nhất tây bắc Zemuria. Cuộc đời của Lavi thay đổi hoàn toàn khi cô quyết định bảo vệ quê hương và khẳng định bản thân trước ông nội Vlad - một người đã từng là anh hùng nhưng lại phản bội Bắc Ambria. Để thực hiện điều này, Lavi đã gia nhập vào đội quân Jaeger phương Bắc - tổ chức lớn nhất trên lục địa.