Thủy Quái 2: Rừng Gỗ Mun xoay quanh cuộc hành trình của Thanh Linh, một nữ bác sĩ pháp y Trung Hoa Dân Quốc, khi cô trở về thị trấn Thượng Thuỷ để tìm kiếm người em trai đã mất tích. Tuy nhiên, không chỉ đơn thuần là việc tìm kiếm gia đình, Thanh Linh còn phát hiện ra những bí mật kinh hoàng về thân phận của chính mình. Với lòng quyết tâm cao cùng niềm tin vào khoa học và sự thật, cô quyết định lật đổ những hủ tục mê tín phong kiến và khám phá sự thức tỉnh của dân chúng trong thị trấn. Đối mặt với thế lực xấu xa, Thanh Linh không ngại khó khăn và sẵn sàng chiến đấu để bảo vệ công lý và nền văn minh khoa học.