Trong Tông Môn Trừ Ta Ra Tất Cả Đều Là Gián Điệp - Everyone In The Sect, Except Me, Is An Undercover Agent xoay quanh câu chuyện về Trần Ninh, một hacker huyền thoại đã hy sinh để cứu nhân loại và sau đó trở thành tông chủ của một tông môn ở dị giới. Tuy nhiên, anh phải đối diện với thực tế đáng sợ rằng toàn bộ thành viên trong tông môn đều là gián điệp và có nguy cơ bị hệ thống tấn công bất cứ lúc nào. Với nguy hiểm luôn rình rập từ phía bên ngoài và bên trong, liệu Trần Ninh sẽ làm thế nào để tồn tại và bảo vệ tông môn của mình?